醛类
常用的醛类消毒剂有甲醛与戊二醛。甲醛具有极强的杀菌力，与氧化剂（高锰酸钾等）结合后所产生的气体用于熏蒸消毒，是空栏后封闭式消毒的最佳消毒剂。但甲醛刺激性气味强，对皮肤、黏膜有强烈的刺激作用，多用于浸泡、熏蒸消毒；戊二醛气味较小，杀菌作用较甲醛强2倍～10倍，渗透能力强，对任何细菌、病毒、霉菌及顽固的芽孢等都有极强的杀灭作用，但对碳钢制品有一定的损害，可用于环境及猪体表的消毒，还可用于熏蒸消毒、因其不宜在物体表面聚合，故效果优于甲醛。
石炭酸（酚）类
此类消毒剂属石油的附属品，如煤馏油酚（克辽林）、皂化煤馏油酚（来苏儿）等，有特殊的气味，渗透力强、价廉，不受有机物的影响，对一般的霉菌、细菌效果尚可，但对病毒、梭菌的芽孢杀灭力不强，且具有腐蚀性和刺激性。一般适用于门口、水泥、砖砌的畜舍空栏、水沟及堆肥场的消毒。
碱类
常用的有烧碱（94%以上的氢氧化钠）、生石灰、石灰乳。一般养猪场最常用的是烧碱，因其价廉、稳定性好，能迅速渗入畜禽栏缝及粪尿等有机物中，具有膨胀、去污作用，能达到脱污、清洁兼杀灭细菌、病毒、虫卵的效果，一般清洗栏舍、饲槽时，可用碱水淋湿浸泡后再冲洗，尚可加入大门口、人车进出的大水池、畜舍门口的消毒池中。因其腐蚀性强，须空栏使用。
过氧化物类
过氧乙酸、过氧化氢与臭氧为国内常见的过氧化物类消毒剂。其中，过氧乙酸的杀菌能力最强，使用最广泛。该类消毒剂杀菌谱广，对细菌芽孢、病毒、霉菌等均具杀灭效果，但有刺激性酸味，易挥发，有机物存在可降低其杀菌效果，对畜禽栏舍有一定的腐蚀性。常用于浸泡、喷洒、擦抹、喷雾等的消毒，也可用于空栏消毒。