1.温度对消毒剂的影响
多数消毒剂的最佳消毒效果都与温度有一定的关系。一般来说，多数消毒剂在低温下消毒效果较差，当气温低于16℃时，一般消毒剂对大部分病原体失去作用。但消毒剂对微生物的杀伤力随温度的升高而增强，提高温度可使常温下某些杀毒效果不大的消毒剂增强杀毒效力。
温度的变化对消毒剂的影响大小不同，一般情况下，温度提高10℃，其杀菌力可提高一倍以上。同时应该注意，温度可改变消毒剂本身的溶解度，对消毒剂的稳定性和作用时间有一定的影响。升温不可超过消毒剂本身能承受的极限，以免造成消毒剂有效成分的蒸发或分解，影响消毒效果。如碘制剂和氯制剂由于本身具有较强挥发性，提高温度会加速挥发，反而导致杀菌力下降。
2.湿度对消毒效果的影响
湿度对消毒剂有着显著影响，不同消毒剂有其适应的相对湿度范围。因为只有液体才能进入微生物体内，起到应有的消毒效果，固体和气体均不能进入，所以一般固体消毒剂必须溶于水，气体消毒剂必须溶于细菌周围的液层中，才有杀菌作用。如在常用的甲醛蒸气消毒时，当提高室内的相对湿度，可以明显增强其杀菌效果。
但是湿度太大反而会影响消毒剂与微生物的接触面积，从而影响消毒效果。例如，用过氧乙酸及甲醛熏蒸消毒时，相对湿度以60%～80%为最好。对于纳米级干燥消毒剂，其作用机理是通过吸附环境中的细菌、病毒、寄生虫卵、氨气、水分等达到减少病原体和改善养殖环境的目的，受湿度影响也较明显。
3.环境pH值对消毒效果的影响
环境pH值的改变可以从两方面影响消毒剂的消毒效果。一是影响微生物的生长和繁殖，二是对消毒剂性质的影响作用。例如，季胺类消毒剂的杀菌作用随着pH值升高而明显加强，苯甲酸则在碱性环境中作用减弱，戊二醛在酸性环境中稳定而在碱性环境中杀菌作用加强;在碱性环境中，菌体表面的负电荷增多，有利于阳离子表面活性剂发挥作用。