沼气法：畜禽粪便可利用沼气或沼气罐产生沼气。此法可以处理大量的粪便、污水，且最适用于阴雨天多、晒干较困难的地方。这是养殖场解决环境污染的一种良性循环机制，也是生态农业发展的一部分。
腐熟堆肥法：粪便经腐熟处理后外观呈暗褐色，松软无臭。
烘干法：较大规模的养殖场，采用烘干法较理想。首先对粪便进行固液分离，分离后的固体成分烘干后，添加其他成分制成有机复合肥，液体可掺入部分其它化肥制成液体肥料出售，或直接用泵送到菜地、果园用作肥料。
组合处理法：采用两种以上的方法组合使用，优势互补。如用太阳能蒸发水分到一定程度，再用烘干法或真空干燥法、膨化法、微波法、热喷法等，既节约能源，降低成本，又可生产出优质肥料。
合理规划养殖场：合理规划养殖场对粪便的处理很重要。一般以远离市区、在下风方向为宜;同时在规格大小、排粪量、处理设施等方面都要充分考虑。
污水净化
如冲洗圈舍后的水，要进行净化处理，一般都要经过植物吸收利用，土地的固定吸附，微生物的作用，使废水变成清水。
一是种植水生饲料。利用有机废水种植水葫芦和细绿萍等水生饲料，其中水葫芦耐高浓度粪水，细绿萍耐中浓度粪水，高浓度有机粪水在水葫芦池中经7天～8天可达到吸收净化。
二是灌溉农作物。将初步净化利用的水作为灌溉水，经过土壤微生物和农作物的分解吸收、土地的吸附固定，从而使污水得到进一步的净化。
三是循环利用。净化后的水，可以部分排回鱼蟹池中。
四是回归江河。净化的水如达到国家的排放标准，就可排入江河。