孵化过程离不开换气，对于孵化机的换气有两种一种是排气扇的定时换气，在孵化的前期可以满足胚胎的呼吸，可是随着蛋的孵化时期加长，胚胎对于氧的需求会越来越大，然而仅凭排气扇的换气是远远不够的，而良好的通风条件能够供给胚胎充足的氧气，同时排出二氧化碳，以保证胚胎的代谢和生理功能的正常进行，如果通风不良，会出现胎位不正或畸形胚胎，甚至胚胎死亡，这也是出壳难的原因之一。所以我们每台孵化机上都设有很多通气孔，但对于通气孔的位置各个厂家都设置的不一样，有的这开一个，那开一个，也不管什么位置，这都是盲目的做法，虽然会缓解胚胎缺氧的程度，但也造成了很多麻烦，例如供热不足，供热不均匀，换气不完全，等等。那么怎样设置通气孔的位置才算合适啊？
首先我们要在箱子的靠近角的地方打上小的排气孔，排气孔的数量，要根据箱子的大小而定，该通气孔不但能通风换气，而且还起着调节上下温差的作用，至于为什么要在这个位置，就和我们冬天生炉子要在墙角的原理一样，空气对流和涡流。
其次我们要在机器的侧面上部打上大的排气孔以备胚胎后期用肺呼吸用，不要多打多单会影响温度湿度的，也不要少打，少打会使氧气不足，一般二到四个为适宜。
再次风扇的后面要有通气孔这样可以保证孵化过程中每时每刻都有新鲜的氧气被吸入，同时也增加了其他排气孔排出二氧化碳的速度。
最后要在箱子的顶部打上一个排气孔，因为二氧化碳的比重比空气小。浮在孵化室的上部，为了防止二氧化碳中毒，我们要在孵化机的顶上留一个小孔。