种蛋孵化前期，胚胎气体代谢微弱，需氧量较小，孵化4天后逐渐加强，孵化到18天时，每720只鸡胚胎的呼吸量，相当于一个人的呼吸量。孵化至啄壳时，尿囊绒毛功能减退，转为肺呼吸，需氧量剧增。有人测定每个胚胎的耗氧，孵化初期为0.51mL/小时，孵化17天为17.34mL/小时，孵化20-21天为0.1-0.15L/小时。整个孵化期需氧量4-4.5L，排出二氧化碳3-5L。 新鲜空气含氧气21%，二氧化碳0.03-0.04%，一般要求孵孵化机详情化机内空气的含氧量应达到20%以上，二氧化碳含量不超过0.05%，超过0.05%孵化率开始下降，超过5%时，胚胎全部死亡。
一般情况下，孵化机有通风口，即便通风口关闭，封闭也不十分严密，加上孵化机内外温差较大，空气交换剧烈，不存在机内缺氧的问题。尤其是容蛋量2000枚以下的小型孵化机。大型孵化机，只要通风系统设计合理，运转、操作正常、孵化室内空气新鲜，一般也不存在机内缺氧的的问题。需要注意的却是不要通风过度，通风过度不但费电，机内湿度也会升不上去。反而对胚胎发育不利。但在炎热的夏季，孵化机内外温差小，空气交换少，要注意通风换气孵化机详情，防止胚胎因缺氧而死亡。
孵化机的通风口一般开于孵化室内，孵化室内的空气状况直接影响孵化机内的空气质量，如果孵化室内通风不好，室温达不到要求，性能再好的孵化机也孵不出好的成绩，因此孵化室既要保温性能好，室内温度稳定，又要有良好的通风条件。
一般情况下，孵化机内不需输氧，但在高海拔地区则必须输氧，气体的组成对胚胎发育非常重要，尤其是海拔高度低地区的种蛋，移至海拔高度高的地区孵化，由于蛋壳通透性增加，导致水蒸气过度丧失，也导致胚胎脱水，孵化率降低。高海拔地区孵化，胚胎会出现缺氧、低碳酸血和脱水的综合症状。
只要通风系统设计合理，运转、操作正常、孵化室内空气新鲜，一般也不存在机内缺氧的的问题。需要注意的却是不要通风过度，通风过度不但费电，机内湿度也会升不上去。反而对胚胎发育不利。但在炎热的夏季，孵化机内外温差小，空气交换少，要注意通风换气，防止胚胎因缺氧而死亡。
高海拔地区孵化输氧必需要有仪器，确保孵化机内空气含氧气20-21%，二氧化碳0.03-0.04%。还要提高机内湿度10-20%。在保证机内二氧化碳含量不超过0.04%的情况下，尽量减少通风量，通风量的降低不仅节省了氧气和加温、加湿的用电，也能维持适量的氧分压和湿度，以利于胚胎的发育。