1、消毒需要时间
一般情况下，高温消毒时，60℃就可以将多数病原杀灭，但汽油喷灯温度达几百度，喷灯火焰一扫而过，也不会杀灭病原，因时间太短。蒸煮消毒：在水开后30分钟却可以将病原杀死。紫外线照射：必须达到5分钟以上。
注意：这里说的时间，不单纯是消毒所用的时间，更重要的是病原体与消毒药接触的有效时间。因为病原体往往附着于其他物质上面或中间，消毒药与病原接触需要先渗透，而渗透则需要时间，有时时间会很长。
这个时候我们可以把一块干粪便放到水中，看一下多长时间能够浸透。
2、消毒需要药物与病原接触
在产房消毒不会把保育舍的病原杀死，同样在产房，消毒药喷不到的地方，病原也不会被杀死，消毒育肥舍地面时，如果地面有很厚的一层粪，消毒药只能将最上面的病原杀死，而在粪便深层的病原却不会被杀死，因为消毒药还没有与病原接触。所以我们要求猪舍消毒前要先将猪舍清理冲洗干净，就是为了减轻其他因素的影响。
3、消毒需要足够的剂量
消毒药在杀灭病原的同时往往自身也被破坏，一个消毒药分子可能只能杀死一个病原，如果一个消毒药分子遇到五个病原，再好的消毒药也不会有效果。关于消毒药的用量，一般是每平方米面积用1升药液。生产上常见到的则是不经计算，只是在消毒药将舍内全部喷湿即可，人走后地面马上干燥，这样的消毒效果是很差的，因为消毒药无法与掩盖在深层的病原接触。
4、消毒需要没有干扰
许多消毒药遇到有机物会失效，如果使用这些消毒药放在消毒池中，池中再放一些锯末，作为鞋底消毒的手段，效果就不会好了。
5、消毒需要药物对病原敏感
不是每一种消毒药对所有病原都有效，而是有针对性的，所以使用消毒药时也是有目标的。如预防口蹄疫时，碘制剂效果较好，而预防感冒时，过氧乙酸可能是首选，而预防传染性胃肠炎时，高温和紫外线可能更实用。
注意：没有任何一种消毒药可以杀灭所有的病原，即使我们认为最可靠的高温消毒，也还有耐高温细菌不被破坏。这就要求我们使用消毒药时，应经常更换，这样才能起到最理想的效果。
附：猪场可以使用生石灰消毒吗?
生石灰的主要成分是氧化钙,消毒是靠氧化钙溶于水后生成氢氧化钙并放出大量的热。氢氧化钙是强碱,会提高被消毒物的pH值,破坏细菌的生长环境,使细菌不能生长,从而达到消毒目的。同时,大量放热会造成局部高温,有杀菌效果。所以猪场可以使用生石灰消毒。
消毒方法
猪场场用生石灰消毒通常用其10%-20%乳剂。具体配制方法是:取1公斤石灰加1升水生成熟石灰,将所得的熟石灰再加9升水即成10%石灰乳。
消毒可以趁圈舍内的猪出栏后,把地面和墙面冲刷、清扫干净,将墙壁和地面,每平方米用1升石灰乳刷1-3次；用新鲜熟化的石灰粉撒布于猪舍周围阴湿的道路、地面、污水沟以及粪池周围。
注意事项
生石灰遇水才会发生消毒作用,直接撒布于干燥地面不发生消毒作用；
生石灰必须现配现用,久置会变质而失去杀菌消毒作用；
石灰中含有杂质,加水过程中可能引起燃烧和爆炸,要特别注意个人防护。
配制时,要做好防护措施,戴口罩、橡胶手套,然后将生石灰按照比例慢慢的撒入水中,轻轻搅拌；用生石灰消毒前,应将要消毒地点进行一次垃圾清理后再消毒,清理的垃圾要进行堆制,上面用20%石灰乳浇泼进行消毒,不让带病菌的垃圾传播扩散。
常见错误
有的养殖户将熟石灰粉直接撒在厩舍内的地面上,这样做很容易将猪蹄肢及皮肤灼伤,猪吃了落在地上的食物后,也容易灼伤口腔及消化道。另外在撒石灰粉时会造成石灰粉尘大量飞扬,使猪吸入呼吸道内。
还有不少的养殖户为了图省事,一次性购进较多的生石灰,长期使用,这是不正确的使用方法。生石灰容易吸收水份变成熟石灰,而熟石灰放置时间较长的话,会失去杀菌消毒的功能。
也有养殖户在入口处不设置消毒室,而是撒上一层熟石灰。但是如果熟石灰不经常更换的话,工作人员仍有可能把病菌带入到养殖场中。因此,应在猪舍的入口处设置消毒室,并在消毒池中放入生石灰,生石灰要经常更换。