这就面临着新建或改建的猪舍与排气净化设备有机结合的问题，合理的设计对设备投资和运行的影响非常重要。但就目前我国的现状来说，在原有猪舍基础上增设排气净化设备的最大问题是设备投资和设备运行的成本过高的问题。而这些问题的根源是目前国内的饲养模式和通风气流组织。
对排气处理设备而言，其和处理水污染物的设备的运行过程一样，就是排放物的总量越大、排放物里污染物浓度越高，设备投资就越大，运行成本就越高。不恰当的饲喂方法和现有的通风模式是造成目前已建成猪舍排放气体总量过大和浓度过高的主要原因。
不恰当的饲喂方式主要是指饲料中高蛋白高营养物质配方，饲料利用率低，导致未消化的养分大量过腹排放，而未消化的饲料营养成分是形成猪舍产生大量臭气的直接诱因。最近国家相关部门及饲料行业协会等组织提出的低蛋白配方饲料措施，今后相信这方面问题影响的因素会逐渐减少。
而通风模式的问题就要复杂的多。对猪舍而言，我国目前大部分猪舍的采用是联合通风模式，即冬季最小通风、春秋过渡通风、夏季纵向通风的结合应用。这种通风模式是自上世纪90年代从美国开始使用，到国内又经过国内技术人员长期不断完善，成为一种技术成熟，应用普遍的通风模式。这种模式的主要特征有三点：一是一年四季的通风量相差巨大，在不同的地域夏季和冬季的通风量比值能达到20-40倍；第二是特征是多点多阶段通风，在侧墙和山墙都有负压风机，根据设定分级启动；第三个特征是大规格风机(48"-54")应用较多。这几点与目前猪舍净化设备要求的不使用大直径风机(正压系统）、集中通风、风量变化幅度小（年平均流量与最大流量比值最大不超过48%）等使用条件相差甚远。
欧洲在本世纪初就开始逐步减少能源消耗较高的联合通风，采用了能耗较少精准通风模式，从而有效的和排气净化设备结合在一起，并发展形成了现在的多单元猪舍集中通风模式（置换通风+中央风道），参见“梅里亚”推荐阅读【环境与设施】垂直置换通风技术在猪舍中的应用。因此在欧洲已经设置了排气净化装置的猪舍基本上都采用精准小风量通风模式和集中通风模式。设备的处理量冬夏季相差不大，相对来说设备体积较小，运行成本相对较低。
还有一个是地沟风机的问题，行业内人士一直对此褒贬不一。但从排气净化的角度出发，使用地沟风机是不恰当的。国外有确切的研究资料表明，采用地沟风机明显增加了地沟内部表面的空气流动速度，进而加快了水分蒸发，加大有害气体排放的量，造成有害气体的湿度大 ,浓度高，使处理设备负荷增加，净化效果下降。这不仅包括冬季使用的地沟风机，也包括全年采用地沟排风的通风系统。
因而，通风方式是我国当前猪舍升级改造猪舍排气净化设备的最大障碍。